一开始美队在跑步，拉仇恨式搭讪得到了一个潜在的新基友-猎鹰，比较特别的是，据说队长用来记录新世界的备忘录上的字在不同国家是不一样的，比如在英国就会写有《神探夏洛克》。
而后寡姐开始给美队介绍女盆友，原因是美队吐槽自己基友都被时间带走了，然后寡姐着重说起了美队对门的女护士，而据说介个女护士是漫画里美队的真?女盆友，设定为美队的初恋女军官佩吉的亲侄女。也有说《美国队长1》结尾时美队冰封被唤醒后，见到的那个女军官就是佩吉的侄女，也许佩吉侄女多也说不定。
美队开始给神盾局擦屁股……这是他自己说的……至少翻译里是这么说的……而我记得被海盗劫持的那个光头特工在《神盾局特工》里跟考森说过他要去坐船。
经过美队做指挥打海盗救人质的肉搏之后，发现寡姐居然溜号去拷贝船上的文件，视军令如山的美队对这种行为虽然愤怒，但还是在爆炸中救了寡姐一命，由此联想起《复仇者联盟1》中纽约大战时，美队也是用盾牌作为掩护，在爆炸的时候罩住了寡姐。但是我相信，这应该不是他俩会有一腿的证据！
愤怒的美队去找局长评理，局长表示分工合作才有效率，且武力威慑才是王道，并带美队参观了2代神盾局航母建设基地。为什么是2代呢，因为作为神盾局顾问的托尼，在亲身的修理过1代航母损毁的飞行部件后，诚恳的提出了修改意见，这种血泪凝聚的成果加上大火力的武器加成，无疑是更新换代的标准。我相信托尼不止强化了飞行部件的设计，也简化了控制集成板，至少不会再让像是美队这样的工作人员看到后只能形容成一堆电线这么形象。
和局长话不投机，美队就去自己的博物馆散心，看了昔日战队的人物介绍，期间还碰到了一个认出他的小正太粉丝，还看到了初恋女军官的访谈。得知对方结婚了，新郞不是他。而后，美队去探望了已经垂垂老矣的佩吉。佩吉不愧是美队的心灵伴侣，她安抚迷茫的美队，虽然一切都在变，可过去的不一定就是错的（大概这个意思吧）。这里就像是《复仇者联盟1》里美队觉得自己已经过时了，考森却告诉他现在就需要一些过去的精神。当一番长谈之后，这对跨世纪恋人也没有再续前缘。据传，官方漫画设定佩吉在队长冰封后嫁给了老史塔克，不过从这里看来电影版改变了这个设定。
另一边，拿到U盘的局长尝试打开拷下来的文件，却被电脑告知加密了打不开，局长跟前神盾局局长现神盾局高管及对外公关形象部部长要求暂缓洞察计划的实施，延缓将建好的航母送上天。
美队回家前偶遇潜在新基友，又勾搭一番。局长驾车去某个安全屋，这里因为信息晃过的太快，实在没看清是不是《神盾局特工》16集里考森跟局长约定见面的地方。在前往路上时，局长遭遇专业团队的击杀及神盾局智能系统的买萌及强大面罩男的补刀，险些当场惨死。
重伤的局长偷跑去队长家里，告诉美队他有个老婆，告诉美队家里有监听，告诉美队他隐婚，告诉美队神盾局有内奸，还没说完就中枪，最后交给美队U盘告诉美队不要相信任何人。而后美队惊悚的得知，就连刚跟他调情的邻家俏护士也是神盾局的特工。由此可以看出，神盾局对妇联成员的监视真是无孔不入。想想寡姐当年混进托尼身边当助理的事吧，要不是当时有个小辣椒，寡姐你是不是也时刻准备着去勾引托尼……怨不得你一个劲给美队推销小护士呢……显然这不是单纯的做媒这叫工作需要……
看到狙击手的美队冲出去缉兇，却棋差一招被对方跑掉，这里终于看清面罩男的手臂是纯机械，应该和《神盾局特工》的死亡战士的机械义肢是同宗出品。局长送入医院，重伤不治挂在了急救室。美队作为最后见到局长和谋杀局长的重大嫌疑人带回神盾局，U盘被暂时放在了一个不是很高明的地方。
部长劝说美队把局长死前去找他的原因说出来，并告诉美队当年他想要靠谈判解救恐怖活动中被当做人质的民众及自己的女儿，但局长违背命令先发救人，而部长不但没有惩罚局长反而升了他的职。我估计，就是这件事令部长认可肯定了九头蛇的信念，并以为局长也是有着这样的信念才提拔他。
经过肉搏群殴战及人机桥上对战，美队回到医院匿藏U盘的自动售货机前，绑定了寡姐带着U盘去电脑销售柜台查文件加密程序的信号来源，期间对认出美队的脑残粉谎称准备结婚度蜜月，对追踪来的神盾局特工使用我们是大庭广众亲热的情侣等招数躲过追捕。至于那个吻我相信，这应该不是他俩会有一腿的证据！觉得这个电脑销售不如《钢铁侠3》里那个脑残粉幸运，他都没给美队看过他的美国队长头像纹身啊摔（胡扯）
跟着信号来源，美队寡姐来到了美队刚入伍时训练的营地，美队依靠完善的军队常识，找到了神盾局的发源地，墙上三幅神盾局创始人的照片并在地下发现了已经把自己上传到电脑上的前九头蛇成员拉索博士，得知九头蛇成员早在红骷髅死了以后经由招安渗透进了神盾局及挑起各种事件及研制了一个排除异己的拉索算法，这与《美国队长1》呼应。不过拉索博士这么忠心牛掰红骷髅你造么！把自己变成按公里算长度的电脑连史塔克老爹都没搞粗来的外挂行为真的没关系么！造成交通意外玩死史塔克夫妇什么的还能不能一起玩耍了！拉索乃是红骷髅的真爱粉来的吧，死了也要变成程式完成领袖的心愿神马的不要太伟大了好么……
公里电脑博士拉索巴拉巴拉的爆料显然不是因为孤独寂寞了，神盾局中的九头蛇成员轰炸了这里，美队又一次用盾掩护了自己保护了寡姐，而之后的公主抱我相信，这应该不是他俩会有一腿的证据！
然后我因为打折的可乐喝多了去交了个水费。
回来以后就看到潜在新基友入队，成为了真基友猎鹰，他们一起抓了神盾局光头特工。有意思的是在这里《钢铁侠2》中那个开听证会要求托尼上交战衣的参议员也喊出“Hail Hydra”，所以他的政治立场也是为九头蛇组织服务的，由此可见九头蛇成员渗入各种药领域至深。
刚迫光头特工交代了一些事情后，就被面罩男扔到桥对面的车轮底下了，不过按照惯例，我不信他死了。两方人在桥上桥下展开恶战，期间面罩男接住美队的盾牌挡在身前有个很短的定格，面罩掉下来美队认出是竹马巴奇。这里很虐啊，在《美国队长1》中，巴奇也拿起过队长的盾牌挡在胸前，不过以前有说是指漫画中在美队死后，冬兵巴奇继承了美队的衣钵。
到这里，可以确定的是《神盾局特工》中的蜈蚣组织就是九头蛇的分支，而使用的机械假肢技术可以和巴奇的铁手臂对应，可是这种拥有甩历史局限性几条街的科技都没能赢得世界大战的胜利真的科学么……根据《美国队长2》后面的剧情所交代，巴奇掉入雪山后断了左手，又被拉索博士救活了，给他装了个铁手臂，因为他不听话和红骷髅的死，拉索博士又把他给冻起来以待后用。到寡姐活跃的年代，又把巴奇解冻并洗脑，作暗杀等用途。考森之前推理出“千里眼”是神盾局内奸，也就是部长。不过那个非人的蓝色半身尸到底是个啥，估计可以支撑《神盾局特工》接下来的剧集了，看来瓦解了神盾局该剧也不会停播的，改名叫回《国土战略防御攻击与后勤保障局特工》就好了呗，可以放心了。另外，听说代号【084】的主角斯凯其实是女绿巨人来的。
回到美队2，跟冬兵的一场恶战后，美队一行3人被抓，路上又被希尔救走。作为《复仇者联盟1》中出现的神盾局唯二女特工，不愧是和考森一样值得信赖的存在，她带着3人见到了没死的局长。当然，像是考森这种死透了的都能在《神盾局特工》里救活了，何况局长这种一开始就计划假死躲过敌人监视的怎么可能便当呢。
希尔给出了阻止九头蛇阴谋的计划，队长坚持九头蛇和神盾局要一并瓦解，这一提议经过争论后通过。神盾局因美国队长而生，也因美国队长而终。
最后的决战中，三架神盾局航母互轰，部长看着吐槽说真浪费，总觉得神盾局的4艘航母从来没有完成什么正经任务就结束使命了……冬兵依旧没有想起来自己是谁，最终他被美队森森的基友情感染，对美队手下留情还救了他一命，而后就走掉匿了。希尔进入了史塔克工业，大概是在临时征用办公区域，也许是在重启复仇者联盟计划。佩吉的侄女去了CIA，也许有什么后续。寡姐因暴露了真实经历跑去匿了，局长表示自己死了也匿了，说不定是去找考森了。部长死了，有个全片一直追着美队干架的壮男特工半死不活的躺在担架上，镜头给了血肉模糊的左臂一个特写，估计是为了妇联第三阶段做铺垫。